De beste reistijd Japan verschilt per regio. Zo zijn de beste maanden om naar Noord-Japan te reizen mei, juni, augustus, september en oktober. Voor Midden- en Zuid-Japan zijn de beste maanden april, mei, september en oktober. Dit komt doordat je dan de maanden met veel neerslag en relatief lage temperaturen vermijdt. Uiteindelijk is de beste reistijd voor Japan afhankelijk van je wensen.
Over het algemeen kan je het beste naar Japan reizen in de lente wanneer de sakura (kersenbloesems) bloeien (met name midden/eind maart). Of in de herfstperiode wanneer de bladeren aan de bomen diverse kleuren hebben.
Mocht je geïnteresseerd zijn in de winter dan kan je het overwegen om in Japan te gaan skiën van december t/m februari. In zowel Hokkaido als de Japanse Alpen zijn er ruime wintersport mogelijkheden.
Ten zuiden van Nagasaki heerst namelijk een subtropisch klimaat die te vergelijken is met het Middellandse Zee klimaat. Over het algemeen omvat het hoogseizoen in Japan de maanden april, mei en augustus en dan vooral de Golden Week begin mei. Voor vele bestemmingen is het hoogseizoen vaak de zomerperiode maar in Japan is dat niet het geval. Dit komt doordat het gedurende de zomermaanden ontzettend veel regent ondanks de warme temperaturen.