In het voorjaar van maart t/m mei ligt de temperatuur gemiddeld rond de 15-25°C en valt er maar weinig regen. Hierdoor is het weer erg aangenaam om in die periode naar Japan te reizen. Daarnaast doet zich ook iets bijzonders voor in deze periode, de kersenbloesem-bomen staan dan namelijk in bloei. De Japanse naam voor kersenbloesem is Sakura. Houd er wel rekening mee dat de kersenbloesemtijd in Tokyo een aantal weken later valt dan in Kyoto, dit omdat Kyoto wat zuidelijker gelegen is.
In de zomerperiode van juni t/m augustus is het weer erg drukkend warm door de hoge luchtvochtigheid. In het noorden is het redelijk warm terwijl het in centraal en zuid-Japan zeer warm kan worden. Het is een feit dat Japan geen ideale zonbestemming is maar er zijn zeker wel wat badplaatsen, stranden en resorts te vinden. Alleen zijn er maar weinig weken waarop er volop zonneschijn is met weinig neerslag ondanks de zeer geschikte temperaturen. Zo valt er vrijwel elke dag neerslag in het grotendeel van Japan.
In de herfst van september t/m november is Japan een uitermate geschikte bestemming om naartoe te reizen. Qua temperatuur is het vergelijkbaar met de lente waarbij de temperaturen uiteenlopen van 15-25°C. Dit is tevens een schitterende periode omdat de bladeren van de bomen verschillende kleuren aannemen wat een prachtig gezicht is!
In de winterperiode van december t/m februari is het vaak koud in Japan. Het kan met name in het noorden van Japan zelfs vriezen en sneeuwen waardoor het als wintersportbestemming geschikt is. Echter heerst er ten zuiden van Nagasaki een subtropisch klimaat waardoor de winters hier aangenaam zijn met temperaturen rond de 15 graden.